Подскажите, пожалуйста, если у меня рейс из Москвы в Шанхай с пересадкой в Пекине, могу ли я выйти в Пекине и не возвращаться на рейс, а доехать до Шанхая ,например, самостоятельно на поезде?

Да можно. Пересечение границы в Пекине будет и все Все штампы вам поставят

Если у вас рейсы куплены сразу в сегменте туда и обратно, то последующие рейсы (обратно) аннулируются

Писали, что можете в блэк лист попасть

Да, можете, это никак не регламентируется. Но есть очень важный нюанс: если у вас обратно билеты в том же бронировании (тот же код бронирования, единый билет), то все последующие сегменты после пропущенного сгорят. Если у вас билеты туда и обратно отдельные, то никаких проблем. В этом случае просто в России просите оформить багаж не до конечного пункта, а до Пекина