Подскажите плз может другой человек забрать паспорта, не тот, кто подавал на визу Японии? И еще - можно забрать позже документы, типо через неделю/две?

может (в спб по доверенности, в мск без), по сути можно позже забрать, но лучше в указанный в квитке срок

если в питере, то делаете доверенность и спокойно забирает другой человек, образец доверенности есть на сайте

Любой, у кого есть бумажка с уведомлением, может забрать паспорта, доверенность не нужна