Делаю визу в Италию. Можно ли отметить в анкете, что транспорт предоплачен, если билеты на самолет куплены, а билеты на междугородние поезда по Италии — нет?

Поезда по Италии консульство не волнуют. Хоть пешком ходите.

А вот самолеты да.

Ставьте оплачен. Пол поезда если спросят, скажите, что купите в Италии. Это не проблема

Передвижение внутри Италии предоставлять не нужно (если особо активные сотрудники ВЦ будут требовать, скажите, что купите на месте). Нужны только билеты в Италию и обратно, если вы их выкупили, то пишите, что полностью оплачено