Подскажите, пожалуйста, если поехать с российским заграничным паспортом на поезде из Петербурга в Брест – можно ли на границе у российских и белорусских пограничников вымолить штампы?

По какой идее? Союзное государство с особым режимом - все межгосом регулируется

Между РФ и РБ нет пунктов пропуска через государственную границу. Был один, да закрылся. Именно на таких пунктах пропуска осуществляется пограничный контроль, таможенный, ветеринарный и иногда. Там же и штампы ставят.

У нас с Белорусией общие внешне границы, поэтому штампы внутри союзного государства не ставят