Надо ли в Казахстане идти в миграционку и писать что будешь уезжать из страны на какое то время? Или только по приезду отмечаться что заехал в страну?

Из вопроса непонятно, какой у вас статус в РК? Если РВП, то не надо ничего сообщать миграционке, просто по возвращении ваш собственник жилья должен сделать уведомление о прибытии.

Если у вас ВНЖ, но вы планируете соблюдать правила пребывания (т.е. жить в Казахстане не менее 183 дней за любые последовательные 12 месяцев), то ничего не надо ни при выезде, ни при въезде. А вот если у вас ВНЖ, но вы покидаете Казахстан на длительный период и не сможете более 183 дней в году быть в РК (длительная заграничная командировка, учеба за границей), то перед отъездом вам нужно обязательно идти в миграционку и предоставлять соответствующие документы. Если их примут, то по возвращении вы сохраните ВНЖ, в противном случае его аннулируют.