Слышал что португальский шенген сложно получить (долго). Если сделать французскую визу и лететь напрямую в Лиссабон, могут не пустить?

Да пустят, куда денутся. На то шенген и придумал

Пустят. Но вопросы могут позадавать. Не исключено. Но я сама с фр.визами два года подряд (в 2024-м и 2025-м) не рискнула сразу влетать в Португалию. Открывала визы через Францию, оттуда дальше летела в Португалию. В 24-м даже вылетала обратно через Францию. В 25-м решила сразу из Лисса в Стамбул вылететь, дабы не делать лишний крюк через Париж.

Разные авиакомпании по разному могут реагировать на такую ситуацию)

Могут не столько не впустить, сколько не выпустить. У меня в Пулково спрашивали, почему виза португальская, а лечу в Мадрид, пришлось билеты в Португалию предъявлять. Не знаю, как бы поступили при их отсутствии, но наличие проверили.

Французскую визу легче получить, но сложнее на нее записаться.

Могут и впустить, и выпустить, но с пристрастием. Также есть риск аннулировать визу. Но самый большой риск в том, что при последующей подаче на туристическую визу, может быть отказ, если не правильно откатать визу.