Подскажите, при использовании есим в Токио, где подключен только интернет, можно звонить по ватсапу? Или только переписка?

Можно

так дело же в невозможности звонков не со стороны японской ( любой другой иностранной ) физической или есимки.Если вы спрашиваете по звонкам на родину.