Подскажите, с чего лучше начать планирование поездки по Японии, какие-то обывательские советы?

Google - «тот самый врен» - почитать сайт пару дней. Многое станет понятнее.

Я ездила токио-киото-токио.

Проблематично туда-сюда на синкансене, поняли в моменте, что так затратно реально получается (багаж отправляли доставками, тоже неудобно подгадывать было время отправки, чтобы успел дойти к нашему приезду)

Подруга сказала свой опыт, прилетали в осаку, оттуда в киото, далее кавагутико и в конце токио (оттуда же вылет); сказала, что так было очень комфортно, постепенные короткие передвижения до следующего города, только из киото до токио синкансен понадобился

Всё так. Но при условии адекватной цены на авиабилеты. Синкансен между Токио и Осакой - 8к рублей примерно