Подскажите, пожалуйста, имеет ли значение какой компанией лететь в Казахстане из Астаны в Алматы?

Конечно имеет. У них цены, чаще всего разные😁.

А если серьезно, то лично у меня не очень большой опыт перелётов разнами а/к Казахстана.

(Прошу прощения, м. б неточно названия напишу). Наиболее хорошая аэрастана. Наиболее бардачная казакаэр. Последней я летал когда она была казахстанской. Вроде ее продали вьетнамцам. М. Б. лучше стала.

Если цена не имеет значения то Эйр Астана.

Флай арыстан часто задерживают или отменяют рейсы