Нахожусь в Малайзии и уже планирую новую поездку. Вопрос. Правильно ли я понимаю что россиянам можно самолетом переходить границу не только в Куала Лумпуре но и например из Китая сразу в кота-кинабалу прилететь?

Конечно, кто вам запретит. На Бали, скажем, люди не летают через Джакарту) Более того, большая часть из них не подозревает, что посещает Индонезию😉

Мы именно так и летели: Новосибирск-Пекин-Кота-Кинабалу. Все можно )