Я в замешательстве. Прилетела из России в Кыргызстан по российскому загранпаспорту. Здесь восстановила просроченный паспорт Кыргызстана.

Показываете паспорт КР при выезде,а при въезде в РФ показываете паспорт РФ.

Вы же получали паспорт КР - без регистрации его вам бы и не выдали - ни чего не нужно вы уже зарегистрированы.Вылетаете по КР а по прилету в РФ на погранконтроле показываете паспорт РФ. Но закону в РФ должны уведомить МВД что у вас есть гр. КР, если не делали этого ранее.