Может кто-нибудь владеет информацией, у моей дочери два паспорта ( один российский небиометрический, второй латвийский)

При наличии гражданства ЛР, никак не влияет, какой паспорт РФ. На территории ЕС в данном случае человек находится на законных основаниях и с законным паспортом.

Для выхода из гражданства РФ необходимо написать заявление в Консульстве, при нахождении за границей или в МВД при нахождении в РФ. Подать необходимые документы. Не должно быть долгов.