Чисто по своим впечатлениям, кто был. Что выбрать - Нагасаки или Хиросима?

Без разницы. Это совершенно разные города.

Смотря какой у вас маршрут и сколько времени заложено. Хиросима от Осаки то далеко, а Нагасаки еще дальше. Но и там и там есть что посмотреть. В Хиросиме есть замок Карпа. В Нагасаки же много достопримечательностей европейских, храм католический, европейский дом Гловера.