Кто то может подсказать примерные цены на поезда/электрички/маршрутки из токио в киото, из киото в осаку, из осаки в нару, или поделиться сайтом, где можно это посмотреть

В гугл картах можно посмотреть

Стоимость на Шинкансен обычный вагон 14,170 йен Киото-Токио, например.

Шинкансен Осака-Токио ~14'000¥.

Киото-Осака-Нара спец.электричка не нужна. Забивает адрес в гугл картах и смотрите ближайший маршрут. Эту территорию на метро можно объять. По карте суйка или icoca. Ехать около час, цены 500-1000¥.

Google Maps Вам в помощь