На граждан РФ вылетающих из Японии НЕ в РФ (а в третью страну) также действует правило не более 100 000 йен на человека?

Нет, не действует это правило. В первый раз вылетали на Филиппины, ничего не спросили про остаток. В этот раз возвращаемся в РФ, перед регистрацией персонально подходил офицер (человек с фуражечкой) и спрашивал, сколько вывозим. Но проверять не проверял) мы сказали, что не для этого летаем в Японию, чтобы деньги оставлять 😄

Нет, вылетели 13 ноября из Токио в Тайланд, никто даже не подходил и ничего не спрашивал.

В этом случае ограничение 1 млн йен