Подскажите, пожалуйста, могу ли я из Малайзии выехать по РФ паспорту, а въехать в Сингапур по Израильскому и обратно из Сингапура по Израильскому, а на въезде в Малайзию предъявить паспорт РФ?

В целом главное в каждую из стран въезжать/выезжать по одному и тому же паспорту. Однако, т.к. Малайзия израильские паспорта не признаёт, могут быть вопросы на вылете в Сингапур где ваша виза. Ну и убедитесь, что израильских штампов у вас в паспорте РФ нет, а то могут не пустить в Малайзию.