Подскажите пожалуйста если гражданка Молдовы находилась на территории РФ 4 года без регистрации - она может выехать из страны и въехать обратно без проблем? в базе МВД не числится как запрещённых лиц. Спасибо!

Препятствий для выезда чинить не должны. А, вот сможет ли она въехать, это только на границе узнает.

А, въезжать обратно зачем? Чтобы ещё 4 года жить нелегально?

Пусть заранее продумает все шаги для своей легализации по всем требованиям, но это стоит денег за госуслуги и пошлины, перевод документов, медицина, биометрия, экзамен по русскому языку.