Tax free действует в Японии на любую сумму или только от какой-то конкретной?

От 5000 йен

где-то от 5500

Зависит от магазина обычно 5000-5500, но иногда вообще такс фри не делают

От 5500 цена с налогом. Часто на ценнике пишут 2 цены: без налога и с налогом. Например полная цена товара с налогом 5500 йен, с таксфри заплатите только 5000. Это минимальный порог.