Подскажите. С Калининграда через Вильнюс в Германию в гости можно проехать? Паспорт Казахстан виза Шенген посольство Литвы давало

В отношении граждан Казахстана Литва конечно никаких ограничений не вводила, поэтому в Литву въехать сможете.

Не можно, а даже нужно въехать в Литву, которая дала Вам визу! Ограничений на въезд для Вас нет со стороны Калининграда.