Как сейчас можно доехать из Петербурга в Вильнюс, если я гражданин Литвы?

Точно также как и любым другим гражданам, имеющим право на въезд в Литву. Например, поезд до Минска, оттуда автобус Минск-Вильнюс.

Можно на самолете до Калининграда, а оттуда в Литву через переходы Чернышевское-Кибартай или Советск-Панемуне