Кто-нибудь знает, по израильскому паспорту можно находиться в Европе 90 дней из 180. Это считается по календарному году или с первого заезда в ЕС в году?

Это правило по любому паспорту. Считается с момента въезда, сложно считать если период открыт, а въездов было несколько, но для этого есть даже специальные калькуляторы чтоб не превысить количество дней в периоде