На карту стран СНГ в Германии можно в банкомате положить наличные?

Обычно карты выпускает какой-то банк какой-то конкретной страны.

Но так или иначе - никакую наличность вы не положите через банкомат в DE.

У меня карта Казахстана, мне отказали. Объяснили что в Германии подобное вообще не работает, только переводы или оплата каких-то сервисов

Нет

а если в условиях договора значится "можете снимать/пополнять в любой стране"?

Попробуйте через вестерн юнион отправить, они принимают переводы налом