Подскажите пожалуйста а какого размера стоит брать чемодан на колесах в Японию ? Есть ли в аэропорту ограничения какие то на него ?

Ограничения не аэропорт устанавливает, а каждая авиакомпания для себя. У аэрофлота, например, ручная кладь чемодан на колёсах размера s, а у победы рюкзак, и т.д. читайте внимательно в билете размеры багажа и ручной клади