Подскажите, пожалуйста, нужно ли заполнять какие-нибудь онлайн-формы или типа того (например MDAC) при перелёте из Куала-Лумпура на Борнео?

Нет

Нет. Но там пограничники ставят свой штамп на въезде. При вылете с КК в Кучинг поставили штамп на посадочном. В Кучинге по прилёту штамп в паспорт, дальше полечу в КЛ, не знаю.