Подскажите, кто недавно ездил из Гуанджоу в Гонконг на один день, долго ли проходить паспортный контроль?

Это зависит от конкретной ситуации. Можно за 30 минут все пройти, можно на час зависнуть, а в праздники и больше.

В любом случае на вокзал стоит приезжать за 1.5 часа, если вы впервые. На вокзале надо пройти через 2 границы.