Скажите, а учитывается как день отсутствия в стране, если выезжать в Эстонию одним днём(утром туда, вечером обратно)?

Добрый день. Я думаю, что не считается, потому что в законе прямо написано: «Ulkomaille lähtöpäivä ja Suomeen paluupäivä lasketaan mukaan asumisaikaan.»

Тем более раз не было выездов за пределы ЕС в однодневные поездки, то скорее всего это никак не считается.

Нет. На сайте Мигри написано, что день отъезда и приезда не считаются.