Подскажите пожалуйста, можно ли гражданину РФ имея внж в Казахстане и быть там прописаным ,сделать постоянную регистрацию в России?

Да, можно. Для граждан РФ прописка в Казахстане и прописка в России друг от друга не зависят. нет требований выписаться из России, чтобы прописаться в Казахстане и наоборот. Тут другой момент - если у вас длительное время не было постоянной регистрации в России, то при прописке это придется объяснять.