Если заезжать в Казахстан по внутреннему паспорту РФ и потом вылетать из Казахстана по загран паспорту РФ - не возникает вопросов по штампам?

Въезжал по-внутреннему паспорту РФ, вылетал с Астаны заграницу и обратно в марте месяце. Без проблем.

Без проблем, летали в июле во Вьетнам.Причём потеряла российский паспорт в Казахстане, обратно в Россию выезжала по загранпаспорту, без всякой отметки

Они Вам не нужны и ни на что не влияют. Да, бывают варианты, когда это важно. Например, человек летит в командировку и ему потом в бухгалтерии отчитываться. Но это явно не Ваш случай. И вообще сейчас в Шарике, например, есть автоматический паспортный контроль. Понятное дел, что оный штамп в паспорт не ставит. А вот за линией автоматов есть будочка, где Вы можете этот штамп поставить, а можете спокойно не ставить и идти на посадку.