Из Даугавпилса на легковой авто хочу ехать в Россию через Эстонию. Какой переход пограничный. Где регистрироваться, очередь ... или можно ехать без регистрации в электронной очереди?

Можно ехать без регистрации и ждать в живой очереди. Койдула, Лухамаа.

Можно регистрироваться на eestipiir*ee (goswift), наберите в гугле. Регистрация примерно на месяц вперёд разобрана.

Есть чат "Россия-Эстония граница", там админ каждый день постит отчёты о скорости прохождения границ