Подскажите, пожалуйста, путешествую с питомцем , собираемся ехать поездом через Литву и Беларусь в Калининград, какие документы нужно подготовить, говорят много чего нужно для Литвы?

паспорт со всеми прививками/обработками + титры + чип + сертификат

по факту никто ничего не спрашивал ни разу, но для своего спокойствия оформляла всё как положено

С учетом текущей обстановки рассмотрите возможность путешествия с питомцем до Калининграда самолетом. Это действительно проще в плане оформления документов.