Если я гражданина РФ нахожусь в Казахстане больше 90 дней и просрочила еще 1-3 дня, обязательно ли мне нужно пересекать границу или я могу как-то легально продлить пребывание, если муж гражданин Казахстана ?

Уже поздно продлевать, это при въезде надо было делать. Теперь только выезд. Возможно со штрафом, если больше 3 дней просрочите.

Выезжать. Это нарушение миграционного законодательства.

РВП подать по воссоединению семьи, могут штраф назначить

Нарушителям не продлевают. Просрочка до 3х дней предупреждение, до 10 дней штраф, более 10 дней только через суд, там штраф и/или выдворение с баном на несколько лет

У меня была похожая ситуация, просрочка в 7 дней. Обратился в миграционную, там мне назначили штраф в 30к тенге и после его оплаты на месте мне дали возможность легально находиться ещё 10 дней на территории РК, чтобы мог успеть получить РВП. В ЦОНе при подаче на РВП прикладывал протокол об нарушении миграционного режима и мне зачли РВП. (Не смог подать вовремя на РВП, так как не знал, что можно подавать и без прохождения дактилоскопии, на тот момент оно просто во всём РК не работало, не знаю как сейчас, но РВП получал месяц назад) Была ситуация, когда в одной миграционной мне сказали, что тип - всё бан, пошел вон из страны через суд и штраф. Разозлился и набрал в главную точку миграционной Алматы, там мне сказали, то что я вам написал и все стало как надо. Ощущение, что люди своих же законов не знают на собственной специализации