Скажите, карту прибытия в Малайзию надо только онлайн заполнять, или можно на месте?

Можно на месте!

Лучше заполнить заранее, т.к. её часто спрашивают ещё при вылете в Малайзию.

даже на месте заполнять нужно только онлайн

Лучше заранее.