Подскажите, если выбрать японский айфон 17, то звук затвора камеры у нас в России так же нельзя будет убрать?

Все ограничения снимаются за пределами той страны для которой они сделаны (кроме FaceTime Audio на китайских).

Поэтому в РФ не будет щелчка.

А в iOS 26 не будет щелчка даже в авиарежиме.

И есть ли ещё минусы японского айфона, который может я не знаю

Нет, никаких.

С местной симкой вроде нет проблем, а вот если есим?

Без разницы какая симка. У меня 3 года есим на японском телефоне. Один раз поставил и забыл.