Подскажите, с дочкой с 03.01 по 12.01 летим через Шанхай в Токио ? Я не очень понимаю.. Лучше просто Токио все эти дни или как то покататься по стране? Я один раз была в Японии лет 10 назад ничего не помню .

9 дней

Вполне себе есть время выехать

Не так много дней, лучше без Кансая, но выехать с ночевкой в Хаконе/Никко.

Никко супер

В Камакуру можно, это вообще час езды

Я вообще психанул и решил во вторую поездку тупо 16 ночей Токио, разбавляя однодневными выездами:)

Лучше конечно вам было взять прилет Токио - вылет Осака и разделить пополам Токио/Киото, особенно если в первый раз не были в Киото.

Транспорт в Японии отличный. Что в киото из Токио на синкансене, что на гору Фудзияма на поезде Наруто! И работает Е-сим - вообще нет проблем найти маршрут - автобусы поезда метро