Подаю документы на визу Японии. подскажите , можно не заморачиваться и программу указать на один город (Осака)? или это подозрения вызовет? Хватит ли тогда заезда в Киото на пару дней добавить?

Если на всё время пребывания у Вас расписано по 2-3 места на день в Осаке, то можно и так оставить. У меня была большая программа, на Осаку я выделяла больше 10 дней.

Заморачиваться не стоит. Указывайте первый пункт назначения и первую гостиницу. Только не забудьте указать город, а то мне весной и пришлось исправлять документы, т.к. посчитал, что это лишнее.

Ваш уровень тревоги чрезмерен и никак не повлияет на выдачу визы. Выполните минимальные необходимые требования (уже неоднократно вам писали какие) – виза будет с большей долей вероятности.