Делаю визу в Японию. Подскажите, пожалуйста. Т.к. у меня белорусский паспорт и они его заберут для визы, мне выдадут какую-то бумажку с ксерокопией паспорта? Или ксерокопию лучше самой заранее сделать?

Сделайте копию, тк паспорт на время оформления заберут. У вас на руках будет листок-уведомление с датой выдачи (но это просто листок по сути, не какой-то официальный документ).

При личной подаче, при отдельном запросе, в посольство можно попросить не забирать паспорт на время рассмотрения.

Они идут на встречу гражданам иностранных государств в этом