Подскажите, что означает на билете на шинкансен Tokyo (ward area)? Отходит с Tokyo station же, главный вокзал?

Шинкансен с Токио стейшн или Шинагава стейшн отходит

Tokyo Ward area означает, что вы по этому билету можете доехать до этих воказалов по одной из линий JR

Да, отходит с главного вокзала, но этот же билет на всех простых электричках JR центральной части Токио действует, доплачивать за проезд до Tokyo station не придётся. Поэтому вы билет на шинкасен вставляете в турникет на любой станции JR (по направлению стрелочки, что на нём нарисована), он вас впустит и выплюнется с дальней стороны. Не забудьте его там быстро подхватить, а то заглотит обратно...