Подскажите , хотела уточнить, если у меня два паспорта ( один старого образца с визой Гонконга, другой нового образца с шенгеном)

А зачем им на выезде ваша шенгенская виза? Их не интересует куда вы летите.

Они будут смотреть на документ, дающий вам право пребывания в ГК, а не на другие визы. (Вы же про выезд из ГК спрашиваете?)

На check-in в аэропорту авиакомпания проверит, есть ли у вас право въезда во Францию

вы показываете новый паспорт с шенгенской визой. Именно этот документ будет привязан к вашему билету.