Подскажите пожалуйста, на какой срок можно оставить багаж в локерах на станциях метро в Японии? Сутки?

обычно до 3-4.

но сутки в большинстве автоматов начинаются и заканчиваются в 0 часов. То есть если положите к примеру 1 числа в 23.00, а заберете 2 числа в 3.00, то это будет 2е суток уже.

Внимательно читайте инструкции на локерах, там все подробнейше прописано.