Друзья, подскажите, пожалуйста, у кого был недавний опыт прилета в Прагу из Афин с Шенгенской визой по паспорту РФ? И проверяют ли документы в поезде из Вены в Прагу сейчас?

Вы просто не читаете историю в переписке. Прибытие в Чехию из любого Шенгена с био паспортом и без отметок "-CZ" на визе разрешен любому россиянину.

Проверка документов выборочная. Вам ничего не грозит.