Если мульти визу Японии поставили в паспорт , который истечет через год - можно ли эту визу использовать в поездках на период ее действия , беря с собой два паспорта ?

Читала, что есть заявление, которое нужно написать в консульстве и переклеят в новый паспорт

На сайте консульства написано, что можно с двумя паспортами

Да, так можно. Если есть желание и лишнее время, можно также перенести визу в новый паспорт