Где в Перу, в каком районе в Лиме и в Куско лучше снять отель за сравнительно недорого на пару дней по обоим городам?

В Лиме оптимальные безопасные районы: Мирафлорес, Сан Исидро и Барранко.

В Куско - рекомендую ближе к центру или со стороны аэропорта, но тоже ближе к центру (центр находится относительно на плоской поверхности и район аэропорта, если будете смотреть ближе на окраинах - это все на горах, крутые подъемы по каменистым дорогам и лестницам)

Вариант "недорого" у каждого свой, и есть ещё нюансы, которые нужно учитывать для недорого жилья.

Посмотрите в Куско Eco bunny inn. 10 минут от центра. Супердешево и комфортно. И даже небольшой завтрак 😍😍😍