Подскажите, С испанской визой все понятно, если прилететь в Испанию по греческой разовой визе, минуя Грецию, какие в дальнейшем будут трудности с оформлением визы?

Если из Барселоны слетать в Афины, никакой печати в паспорте не будет, соответственно информации о том, что вы пробыли в Греции - тоже нигде не будет

Тут больше греки принципиальные, я знаю, что они звонят в отель, узнать, что вы действительно заселились и могут сами аннулировать визу

Испанцам должно быть все равно, но вопросы скорее всего будут у погранца

По визам требование есть пребывание в стране выдачи дольше, чем в остальных, не все это соблюдают, но, чтоб не сильно палевно было - влет или вылет осуществляют в страну выдачи, так сложнее определить сколько вы действительно были в стране, так как внутри Шенгена передвижения не фиксируются пока. Есть только выборочные проверки виз (у меня пару раз проверяли при посадке в самолет внутри Шенгена)

вряд ли будут какие-то трудности

Летите спокойно. Правила первого вьезда не существует