В какие есть магазины в Токио, по типу золотого яблока, где можно найти парфюмерию разных брендов?

Сеть Cosme например.

А вообще лучше смотреть крупные универмаги сетей например Даймару, Мицукоши, Нихонбаши. В каждом этаж, а то и два, с косметикой- парфюмерией.