Планируем лететь в Сингапур транзитом. Если покупали билеты туда одной авиакомпанией а в третью страну другой и это разные билеты. Считается ли это транзитом?

Да. Главное улетать в другую страну, нежели чем из которой прилетели. Ну и не более 96 часов разницы между посадкой и вылетом, согласно данным на билетах (а не фактическими).