Подскажите, пожалуйста, нет проблем при прилете в Прагу с французским шенгеном (паспорт на 10 лет, отметки с ограничениями CZ нет), вылет из Москву через Баку? Хотим на неделю в конце октября начале ноября посетить Прагу.

Напрямую из Баку не пустят, из любой страны Шенгена - пустят

Только через другую страну шенгена которая пускает к себе россиян с турвизами "изза пределов шенгена"... Лучше всего через страну выдавшую визу.

Но и при этом понимать что приехать то вы сможете, но если в стране выдавшей визу не проведете больше дней чем в любой другой стране шенгена - это будет нарушением которое может "аукнуться" на следующих визах.