Подскажите пожалуйста,по прилету в Прагу по рабочей визе,на таможне спрашивают мед. Страховку ?

Могут спросить, так как ее наличие по закону обязательно. Причем нетолько при въезде, но и при любой проверке документов - так как страховка не просто должна быть - она "должна быть при Вас".

Ну и самое главное - Ваша страховка нужна не пограничникам - у них своя есть, а Вам!