Такой вопрос. Полет с котом и собакой через а/к S7, кот полетит как ручная кладь, а собака в багажном отсеке. Будет одна пересадки в Москве. Вопрос, при пересадке за животных тоже нужно оплачивать?

Если одной а/к, то оплата единоразовая.

У вас одна и та же авиакомпания? Мне сразу сказали - второй рейс собака бесплатно

Если перелет трансферный, то ничего не нужно. В том случае, если вы сперва купили билет от точки А в точку Б, а потом от точки Б в точку В, то такой перелет не будет являться трансферным и перевозка животного оплачивается дополнительно. Равно, как и заново регистрируется багаж.