Подскажите, пожалуйста, если разными авиалиниями лететь в Японию, багаж нужно будет забирать на трансфере?

Не обязательно. Из Владивостока регистрируют багаж до конечного пункта, летали разными а/к. Думаю и в других городах также. Но точно вам скажут только на стойке регистрации