У меня уже есть виза в Японию, девушка заполняет документы на свою сама. Что ей писать в программу пребывания, если она летит со мной, но по факту продается одна? +1? Или 0?

Вообще, без разницы, допустимы оба варианта

Но я бы, однозначно, писал +1

Если вы подаетесь совместно, то +1. Если отдельно в разные дни - то логичнее никого не указывать, но можно и указать. Вообще я бы очень рекомендовал вам подаваться совместно, в этом случае у вашей девушки будут очень хорошие шансы на мульт